Античная Феодосия пала довольно давно во времена древнего нашествия гуннов в далеком IV в. н.э. Следующие столетия жизнь в этих местах едва теплилась. Но в XIII—XIV вв. был воздвигнут новый город на руинах эллинов. Он получил название Кафа и его владельцами на протяжении двух лет были генуэзцы.

Были в истории города и трагические события - эпидемия зловещей чумы в 1347-1351 годах. Изначально чума вспыхнула в войске Дженибека. Они вели осаду Кафы, когда зародилась болезнь, которая унесла тысячи воинов. Они не могли войти в город и овладеть крепостью, татары начали забрасывать трупы умерших при помощи катапульт за оборонительную стену непосредственно в город. Так болезнь поразила Кафу и люди были вынуждены покинуть убежище, спасаясь на судах. По пути на родину в Геную они останавливались в разных местах, где из-за этого возникали новые очаги болезни. Так чума пронеслась по всей Европе и унесла жизнь 75 млн. человек. А это на то время четвертая часть населения всей Европы. Историки того времени упоминают об этом страшном событии.

Кафа в свое время (в середине века) являлась основным большим торговым портом всего Северного Причерноморья. Также она была известна как один из главных центров процветающей работорговли в Крыму.

В период самого расцвета в городе проживало около 70-100 тыс. чел. - приблизительно столько и сейчас в современной Феодосии. Город Кафа был многонациональный. Здесь было аж 17 католических церквей, более 40 армянских, 2 монастыря, синагоги, православные храмы и мусульманские мечети.

В 1475 году Кафу летом захватили турки-османы и город получил новое имя - Кеффе плюс стал центром крымской провинции для турецкого  султана. Резиденция султанского наместника в Крыму находилась тоже здесь. Многие постройки при захвате были уничтожены. Турки естественно перестроили город на свой вкус, украсив его мечетями и зданиями восточных бань. Каффе так и осталась главным невольничьим рынком.